Milanese di nascita, visse fin dalla prima infanzia a Praga. Nel 1602 entrò nell'ordine dei Cappuccini, acquisendo subito una vasta fama in virtù delle sue notevoli capacità di predicatore. Dopo aver brevemente insegnato all'università di Vienna, Magni iniziò una serie di peregrinazioni per l'Europa centrale, con diversi incarichi di rilievo sia culturali (fu, tra l'altro, professore a Praga) che politici e religiosi. Nell'ambito di questa attività, si trovò più volte a scontrarsi con i gesuiti, nei confronti dei quali manifestò costantemente una accesa ostilità. Forse a seguito di tali contrasti, fu incriminato con l'accusa di eresia ed imprigionato a Vienna nel 1655. L'intervento dell'Imperatore valse a restituirgli la libertà. Trasferitosi a Salisburgo vi rimase fino alla fine dei suoi giorni.
La notorietà di Magni è strettamente legata alla determinazione sperimentale dell'esistenza del vuoto. Alla metà del 1647, egli presentò alla corte di Venceslao VII, a Varsavia, un esperimento destinato dimostrare la presenza di uno spazio vuoto in un tubo riempito di mercurio. La prova realizzata da Magni non era altro che una replica dell'esperienza barometrica già operata da Torricelli. Appena la notizia dell'esperimento si diffuse - anche in virtù della pubblicazione di un volume del Magni intitolato Demonstratio ocularis - il cappuccino venne accusato di plagio. Egli si difese affermando di ignorare gli studi di Torricelli, mentre confessò di aver invece tratto spunto dall'opera di Galileo.
In ogni caso, la Demonstratio ocularis del Magni è senz'altro importante, rappresentando il primo resoconto a stampa dell'esperimento barometrico. Insieme alla dura polemica sul presunto plagio, essa contribuì notevolmente a diffondere nella comunità scientifica di tutta Europa le nuove prospettive connesse alle scoperte di Torricelli.

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