Nel 1617 il museo di Ulisse Aldrovandi ricevette collocazione in sei stanze del Palazzo Pubblico, ove rimase fino al 1742, quando ne venne disposto il trasferimento nei locali dell'Istituto delle Scienze di Palazzo Poggi, sede attuale della mostra.

Nel corso dell'Ottocento la collezione fu in gran parte smembrata e distribuita tra musei e biblioteche, non solo cittadini. Nel 1907 il comitato promotore delle onoranze per il terzo centenario della morte di Aldrovandi provò a restituire unità a una pur piccola parte del museo, riunendo in un unico ambiente, quello attuale, reperti naturalistici, manoscritti (attualmente conservati nella Biblioteca Universitaria di Bologna), acquerelli, disegni e matrici xilografiche.

Aldrovandi affidò alle figure un ruolo assolutamente centrale nell'ambito della ricerca: esse servivano a mostrare le "cose di natura" nella loro interezza e nel loro stato ottimale e, dunque, messe in rapporto stretto anche con i reperti mutili del museo finivano per conferire a questi ultimi una piena validità scientifica e dimostrativa.